Στο πλαίσιο των εργασιών αποκατάστασης του οικοδομήματος διενεργήθηκε ανασκαφική έρευνα που αφορούσε τη μελέτη προγενέστερων οικοδομικών φάσεων. Η έρευνα αφορούσε τους παρακάτω χώρους:
Κεντρικό κτίριο
Το 1995, κατά την απομάκρυνση των επιφανειακών επιιχώσεων από την αυλή του περιστυλίου, αποκαλύφθηκαν κατά τόπους κατακρηνίσματα, καθώς και δύο φρεάτια συλλογής ομβρίων υδάτων, τα οποία συνδέονταν με το αποχετευτικό δίκτυο του ανακτόρου. Ανασκαφικές τομές που διενεργήθηκαν στον ίδιο χώρο αποκάλυψαν σε βάθος 0,50μ. στρώμα καταστροφής με ίχνη καύσης, κάρβουνα, θραύσματα κεράμων, πλίνθων και κοσμητών, καθώς και επιχρίσματα. Σε βάθος 1,10-1,16μ. βρέθηκαν κατάλοιπα προγενέστερης αργολιθοδομής, στα δυτικά της οποίας αποκαλύφθηκε δάπεδο από ασβεστοκονίαμα, πηλόχωμα, λατύπες και χαλίκια, με έντονη καθίζηση στο κέντρο. Τμήματα δαπέδων με καθίζηση βρέθηκαν και σε τρεις χώρους ανατολικά της αυλής, ενώ στον βορειοανατολικό χώρο ήρθε στο φως προγενέστερη τοιχοποιία από αργούς λίθους.
Βόρειος διάδρομος
Aνασκαφικές τομές που διενεργήθηκαν στον βόρειο διάδρομο, μετά την αποκόλληση προς συντήρηση του σωζόμενου ψηφιδωτού δαπέδου, έφεραν στο φως οικοδομικά κατάλοιπα προγενέστερα του ανακτόρου. Σε όλες τις τομές αποκαλύφθηκε στρώμα καταστροφής με καύση και κάρβουνα πάχους μεγαλύτερου του 1,00μ. Αποκαλύφθηκε επίσης πεταλόσχημος κλίβανος όπτησης μητρών, στα ανατολικά του οποίου και σε βάθος 0,80μ. βρέθηκε αγγείο πουπεριείχε θησαυρό αργυρών νομισμάτων του 1ου-2ου μ.Χ. αι. Σε βάθος 1,00-1,50μ. βρέθηκαν κατά τόπους τμήματα δαπέδων με έντονη καθίζηση, κατασκευασμένα από ασβεστοκονίαμα και πηλό, καθώς και υπολείμματα τοίχων από αργολιθοδομή και πλέγμα αυλών.
Δυτικός και νότιος διάδρομος
Ανασκαφικές τομές, που διενεργήθηκαν στον νότιο διάδρομο μετά την αποκόλληση του ψηφιδωτού δαπέδου, αποκάλυψαν τμήματα πολυτελών οικιών του 2ου-3ου μ.Χ. αι., οι οποίες καταστράφηκαν από πυρκαγιά. Αντίστοιχα, δοκιμαστική τομή στον δυτικό διάδρομο, μετά την απομάκρυνση του ψηφιδωτού δαπέδου, έφερε στο φως αβαθή ασβεστόλακκο, κατάλοιπο οικοδομικών εργασιών, και τοιχογραφημένους χώρους ρωμαϊκών χρόνων, ενώ επιμήκεις τομές κατά μήκος του δυτικού τοίχου αποκάλυψαν κτιστό αγωγό μήκους 20μ., που σύμφωνα με την ανασκαφέα χρονολογείται στην ελληνιστική περίοδο.
Η ανασκαφή των προγενέστερων οικοδομικών φάσεων διενεργήθηκε από την αρχαιολόγο Μ.Καραμπέρη.
