Στο σωζόμενο στην πλατεία Ναυαρίνου τμήμα των ανακτόρων διατηρούνται αποσπασματικά αρχαία δάπεδα, που καλύπτουν συνολικά επιφάνεια 2.300τ.μ.
και είναι πλίνθινα (267τ.μ.), ψηφιδωτά (1160τ.μ.) και μαρμάρινα (840τ.μ.). Τα αρχαία δάπεδα, μέχρι το 1993, οπότε και άρχισαν οι εργασίες αποκατάστασης, ήταν εκτεθειμένα στις περιβαλλοντικές συνθήκες, με αποτέλεσμα να έχουν υποστεί μεγάλες φθορές.
Θεωρώντας ότι τα αρχαία δάπεδα αποτελούν σημαντικότατα στοιχεία για τη χρονολόγηση, τη διαχρονική χρήση, αλλά και για την κατανόηση της αρχιτεκτονικής δομής των μνημείων, αποφασίστηκε η μελέτη της συντήρησης και της αισθητικής αποκατάστασής τους να εκπονηθεί με τη στενή συνεργασία των σχετικών επιστημονικών κλάδων, προκειμένου να υπάρξει η επιβεβλημένη επιστημονική προσέγγιση των προβλημάτων.
Συνολικά εκπονήθηκαν εννέα μελέτες για την αποκατάσταση των ψηφιδωτών και των μαρμάρινων δαπέδων των κτισμάτων, η οποία πραγματοποιήθηκε από το 1994 μέχρι το 2014. Το πλίνθινο δάπεδο των στοών του βόρειου περιστυλίου, λόγω της κακής κατάστασης στην οποία βρισκόταν, δεν συντηρήθηκε, αλλά επικαλύφθηκε με γεωύφασμα και στρώση διαβαθμισμένου αμμοχάλικου.
Οι μελέτες περιελάμβαναν την επιστημονική τεκμηρίωση των δαπέδων: την τοπογραφική και χρωματική αποτύπωση των σπαραγμάτων σε κλίμακα 1:25, τη μελέτη των υλικών και του τρόπου δόμησης, την καταγραφή των φθορών και την πρόταση συντήρησης και αποκατάστασης.
Για την αποκατάσταση των δαπέδων ακολουθήθηκαν οι εξής αρχές:
• μερική συμπλήρωση των κατεστραμμένων τμημάτων σύμφωνα με τα σωζόμενα κατά χώραν στοιχεία
• χρήση συμβατών υλικών, ώστε να μην προκληθούν μελλοντικές φθορές στα αρχαία υλικά
• δυνατότητα αναγνωσιμότητας της επέμβασης από τον μη ειδικό επισκέπτη
• δυνατότητα αναστρεψιμότητας της επέμβασης.
