Η αποκατάσταση και η ανάδειξη των ερειπίων των Ανακτόρων του Γαλερίου υλοποιήθηκε µε χρηµατοδότηση της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Οι εργασίες ολοκληρώθηκαν σε τρεις χρονικές περιόδους (1993‑2000, 2002‑2006, 2011‑2014).
Τα προβλήματα που έπρεπε να αντιμετωπιστούν κατά τη σύνταξη των προτάσεων επέμβασης στα οικοδομήματα του ανακτόρου που σώζονται στην πλατεία Ναυαρίνου και στην οδό Δ. Γούναρη ήταν σημαντικά, τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο. Τα κτίσματα, έχοντας χάσει τη μορφή και τη λειτουργία τους, δεν ήταν πλέον αναγνώσιμα, τα υλικά δόμησης πολλών τοίχων, κυρίως πλίνθοι και κονιάματα, είχαν διαβρωθεί, ο εκτεταμένος ψηφιδωτός και μαρμάρινος διάκοσμος των δαπέδων, που κατά την αρχαιότητα κάλυπτε έκταση τριών στρεμμάτων, είχε υποστεί μεγάλες φθορές, ενώ οι εμπειρικές συντηρήσεις της δεκαετίας του ’70 είχαν αρνητικές επιπτώσεις στη διατήρηση των αρχαίων υλικών.
Παράλληλα, η έλλειψη αντίστοιχης αναστηλωτικής εμπειρίας την περίοδο εκείνη (αρχές της δεκαετίας του ‘90) σε μνημεία αυτής της περιόδου στον ελλαδικό χώρο, καθώς και η έλλειψη εξειδικευμένου εργατοτεχνικού προσωπικού, που να μπορεί να ανταποκριθεί στις απαιτήσεις του έργου, δημιουργούσαν πρόσθετες δυσκολίες, οι οποίες όμως στην πορεία ξεπεράστηκαν με επιτυχία.
Στόχος των επεμβάσεων, οι οποίες έγιναν σύμφωνα με τις αρχές που διέπουν τους διεθνείς Χάρτες της αποκατάστασης των μνημείων, ήταν η προστασία των αρχαίων τοίχων από την επίδραση του περιβάλλοντος, η συντήρηση και η αποκατάσταση των ψηφιδωτών και των μαρμάρινων δαπέδων, η διευκόλυνση της αναγνώρισης του μνημείου από τους μη ειδικούς επισκέπτες, με την ταυτόχρονη διατήρηση όλων των οικοδομικών του φάσεων, καθώς και η απόδοσή του στο κοινό, με τη μορφή υπαίθριου μουσείου.
Απαραίτητη προϋπόθεση θεωρήθηκε η διατήρηση του δομικού συστήματος των μνημείων, η μη χρησιμοποίηση υλικών και τεχνικών ξένων προς τις αρχαίες οικοδομικές τεχνικές, καθώς και η αναγνωρισιμότητα και η αναστρεψιμότητα των επεμβάσεων, ώστε να μην παραποιείται η αυθεντικότητα του μνημείου και να μην ακυρώνονται εκ των προτέρων οι ερμηνείες που θα επιχειρούσαν μελλοντικοί ερευνητές.
Επίσης, βασική επιδίωξη ήταν να επανακτήσει το μνημείο, με τον καλύτερο δυνατό τρόπο, όλες τις αξίες που είχε στο παρελθόν, ιστορικές, αισθητικές, συμβολικές, ώστε να ενσωματωθεί όχι μόνο στον σύγχρονο, αλλά και στον πολιτισμό του μέλλοντος.
Κατά τη διάρκεια του έργου προωθήθηκε η διεπιστημονική συνεργασία και αποκτήθηκε τεχνογνωσία στην αρχαία τεχνολογία, γεγονός που το καθιστά πρότυπο για παρόμοιες επεμβάσεις σε μνημεία αυτής της περιόδου. Σημαντικός παράγοντας προς την κατεύθυνση αυτή ήταν η μελέτη των υλικών δόμησης του μνημείου. Ειδικότερα, στο πλαίσιο ερευνητικού προγράμματος που εκπονήθηκε σε συνεργασία με το Εργαστήριο Δομικών Υλικών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, με υπεύθυνη την καθηγήτρια Ι. Παπαγιάννη, μελετήθηκαν διεξοδικά τα τεχνικά χαρακτηριστικά των πλίνθων και η σύσταση των κονιαμάτων που χρησιμοποιήθηκαν στην κατασκευή των τοίχων των κτισμάτων, συμπεριλαμβανομένων των οικοδομικών τους φάσεων, της ορθομαρμάρωσης και των αρχαίων δαπέδων.
Η γνώση των υλικών βοήθησε στην παρασκευή νέων κονιαμάτων, συμβατών με τα αρχαία, χωρίς, ή με ελάχιστη περιεκτικότητα σε τσιμέντο. Η παρασκευή και η εφαρμογή των κονιαμάτων στο εργοτάξιο, σύμφωνα με τις προδιαγραφές που τέθηκαν από τη μελέτη, ενώ στην αρχή δυσχέραινε το μη εξειδικευμένο, την εποχή των πρώτων επεμβάσεων, προσωπικό, στη συνέχεια έγιναν πλήρως αποδεκτές και αποτέλεσαν εγγύηση για την ποιότητα των εκτελούμενων εργασιών.
Με την ολοκλήρωση των εργασιών το µνηµείο αναδείχθηκε και έγινε επισκέψιµο, συµβάλλοντας σηµαντικά στην προβολή και κατανόηση της ιστορίας της Θεσσαλονίκης κατά την Ύστερη Αρχαιότητα.
Το 2008 ο αρχαιολογικός χώρος της πλατείας Ναυαρίνου βραβεύθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση και την Europa Nostra για την εξαιρετική και υποδειγµατική αποκατάσταση και συντήρηση των ερειπίων, όπως και για το σύνολο των επεµβάσεων που µετέτρεψαν έναν εγκαταλελειµµένο χώρο σε άρτια οργανωµένο και µε εκπαιδευτικό χαρακτήρα πόλο έλξης στην καρδιά της σύγχρονης πόλης.
