Το δάπεδο της αψίδας της Βασιλικής αποτελείται από τρία διάχωρα σε οριζόντια διάταξη. Το νότιο και το μεσαίο σώζονται σχεδόν ακέραια και είναι επιστρωμένα με ψηφιδωτό. Το νότιο διάχωρο κοσμείται με μία σύνθεση ασπρόμαυρων τετραγώνων σε μορφή ζατρικίου, ενώ το μεσαίο με μία σύνθεση μεγαλύτερων τετραγώνων με εγγεγραμμένα κατά κορυφήν τετράγωνα, εναλλάξ ανοιχτόχρωμα και βαθύχρωμα.
Στο βόρειο διάχωρο, που είναι κατεστραμμένο, διατηρείται το κονίαμα του υποστρώματος στο οποίο διακρίνονται τα αποτυπώματα τετραγωνικών πλαισίων (πλακών), που έχουν διαστάσεις 1.10x1.10μ. και διατάσσονται σε δύο σειρές. Εναλλάξ εντός των πλαισίων υπάρχουν κεραμίδες τοποθετημένες χιαστί, οι οποίες συνήθως χρησιμοποιούνται ως οδηγοί για την τοποθέτηση μαρμαροθετήματος (opus sectile
Opus sectile είναι μια δημοφιλής τεχνική στην ύστερη αρχαιότητα Περισσότερες Πληροφορίες). Από τον τρόπο δόμησης του υποστρώματος συμπεραίνεται ότι το βόρειο τμήμα του δαπέδου ήταν επιστρωμένο με μαρμάρινες πλάκες που εναλλάσσονταν με opus sectile.
Το δάπεδο του προθαλάμου της Βασιλικής ήταν ψηφιδωτό. Το τμήμα που ανασκάφηκε διαρθρώνεται σε δύο διάχωρα, όπως φαίνεται στις φωτογραφίες και στα σχέδια του αρχείου της Εφορείας. Στο δυτικό διάχωρο, όπως συμπεραίνεται από τα ελάχιστα σωζόμενα λείψανα που αποκαλύφθηκαν το 1971, υπήρχε σύνθεση τετραγώνων, τα οποία ως επί το πλείστον περιείχαν κύκλους και κοιλόπλευρα τετράγωνα.
Η σύνθεση του ανατολικού διαχώρου είναι μαίανδρος αγκυλωτών σταυρών με παρεμβαλλόμενα μικρά και μεγάλα τετράγωνα. Οι ταινίες των αγκυλωτών σταυρών κοσμούνται με αλυσοειδή πλοχμό, τα μικρότερα τετράγωνα με τέσσερα παραλληλεπίπεδα, ενώ τα μεγαλύτερα τετράγωνα περιέχουν κύκλους με κοσμημένη περιφέρεια και κεντρικό θέμα. Παρόλο που οι διάφοροι τύποι μαιάνδρου εμφανίζονται συχνά στα ελλαδικά ψηφιδωτά, η συγκεκριμένη σύνθεση δεν είναι γνωστή από άλλο τόσο πρώιμο παράδειγμα.
Το ψηφιδωτό πλαίσιο που περιβάλλει τα διάχωρα παρουσιάζει ανομοιομορφίες που δεν είναι δυνατόν να ερμηνευθούν, καθώς το ψηφιδωτό δεν έχει αποκαλυφθεί σε όλη του την έκταση. Το θέμα των αλυσιδωτά συμπλεκόμενων κύκλων, το οποίο χρησιμοποιήθηκε εδώ, εμφανίζεται με τρεις διαφορετικές μορφές σε τμήματα του ίδιου πλαισίου. Σε ένα τμήμα του ψηφιδωτού που σώθηκε στη βόρεια πλευρά οι περιφέρειες των κύκλων κοσμούνται με δύο διαφορετικά θέματα, ενώ σε ένα άλλο, που αποκαλύφθηκε στη νότια πλευρά, υπάρχει για πρώτη και μοναδική φορά στα ψηφιδωτά του Γαλεριανού Συγκροτήματος η τεχνοτροπία του “ουράνιου τόξου”. Το θέμα αυτό, που συναντάται στη Θεσσαλονίκη σε ένα μόνο προγαλεριανό ψηφιδωτό, παρατηρείται σε μία σειρά ψηφιδωτών της πόλης που χρονολογούνται μετά τα μέσα του 4ου μ.Χ. αι.
