Ο χώρος υγιεινής ήταν κοντά στην είσοδο των λουτρών. Είχε πλάτος 3,20μ. και στις τρεις πλευρές του υπήρχε έδρανο πλάτους 0,50μ. και ύψους 0,40μ. με οπές. Κάτω από το έδρανο, κατά μήκος των τοίχων, ήταν κατασκευασμένος ο υπόνομος για την απομάκρυνση των λυμάτων. Είχε πλάτος 0,45μ., βάθος 1μ. και ο πυθμένας του ήταν κατασκευασμένος από πλίνθους διαστάσεων 28,3x42,7εκ., που έφεραν δαχτυλιές. Η μία παρειά του, που αποτελούσε συγχρόνως και τη βάση των τοίχων, ήταν πλινθόκτιστη, ενώ η άλλη ήταν κτισμένη με επιμελημένη λιθοδομή πλάτους 0,50μ. Και οι δύο παρειές ήταν επιχρισμένες με υδραυλικό κονίαμα. Η συνεχής τροφοδότηση του υπονόμου με νερό γινόταν από κτιστό πλίνθινο αγωγό πλάτους 0,30μ. και βάθους 0,50μ.· ο αγωγός αυτός, προερχόμενος από ΒΑ, κατέληγε στην αρχή του ανατολικού σκέλους του υπονόμου, κάτω από το δάπεδο της μεγάλης αίθουσας. Ο πυθμένας του υπονόμου είχε κλίση ώστε να εξασφαλίζεται η ροή των νερών προς τον αποχετευτικό αγωγό του ανακτόρου, μέσα από ένα άνοιγμα πλάτους 0,50μ. και ύψους 0,60μ. που υπήρχε στο βόρειο άκρο του δυτικού σκέλους. Για την ενίσχυση του τοίχου, πάνω από το άνοιγμα υπήρχε πλίνθινο ανακουφιστικό τόξο.
Στον υπόνομο εισέρρεαν, με αγωγούς διαφόρων τύπων, τα νερά από το άδειασμα των λουτήρων, καθώς και από τους χώρους βόρεια του προθαλάμου. Ειδικότερα, το νερό του εξαγωνικού και του ημικυκλικού λουτήρα έφτανε στον υπόνομο, κάτω από τα δάπεδα, μέσα από έναν κτιστό αγωγό που διαπερνούσε τους τοίχους των χώρων. Ο αγωγός, κατά τη μακροχρόνια λειτουργία των λουτρών, επισκευάστηκε πολλές φορές. Ο πυθμένας του είναι επιστρωμένος με πλίνθους, μερικές από τις οποίες φέρουν έξεργα σφραγίσματα, συνήθως γράμματα. Τα τοιχώματα του αγωγού, που είναι κατασκευασμένα από πλίνθους ή πέτρες, ήταν επιχρισμένα με υδραυλικό κονίαμα. Η κάλυψη του αγωγού γινόταν με πλίνθους ή πέτρες.
